La Universidad conquistó la Autonomía el 15 de octubre de 1957 en virtud del Decreto N° 170 emitido por la Junta Militar del Gobierno, constituida por los señores Héctor Caraccioli y Roberto Gálvez Barnes.
Ese mismo decreto contiene la primera Ley Orgánica de la Universidad Nacional Autónoma de Honduras, vigente hasta el 11 de febrero de 2005, cuando fue sustituida por la nueva Ley aprobada por el Congreso Nacional según decreto número 209-2004.
La Ley Orgánica permitió que la UNAH desarrollara una educación basada en el pluralismo ideológico, libertad plena de cátedra, estudio, investigación y de vinculación de la universidad con la sociedad; así como la gestión y administración de sus propios recursos.
De igual manera, la autonomía brinda la facultad y capacidad para elegir sin injerencia política sus propias autoridades, emitir las normas reglamentarias y la formulación de las políticas en relación con el ingreso, permanencia y egreso de los estudiantes, entre otras atribuciones.
Según lo establecido en la Ley Orgánica, la Autonomía comprende:
Pluralismo ideológico, libertad plena de cátedra, de estudio, de investigación y de vinculación de la universidad con la sociedad;
La autonomía en la gestión y administración de sus propios recursos, con transparencia y rendición de cuentas ante la comunidad universitaria, los entes contralores del Estado y la sociedad en general;
La facultad y capacidad para elegir autónomamente sus propias autoridades;
La facultad para emitir las normas reglamentarias o estatutarias que sean necesarias para desarrollar la Ley Orgánica;y,
La autonomía para manejar sus relaciones laborales y la formulación de las políticas en relación con el ingreso, permanencia y egreso de los estudiantes.
El artículo 160 de la Constitución de la República vigente establece que la UNAH goza de la exclusividad de organizar, dirigir y desarrollar la educación superior y profesional.
VISIÓN
Una institución líder de la educación superior nacional e internacional; protagonista en la transformación de la sociedad hondureña hacia el desarrollo humano sostenible con recursos humanos del más alto nivel académico, científico y ético.
Una institución con un gobierno democrático, organizada en redes y descentralizada, transparente en la rendición de cuentas, con una gestión académica y administrativo/ financiera, participativa, estratégica, moderna y orientada hacia la calidad y la pertinencia de la educación, la investigación y su vinculación con la sociedad hondureña y mundial, procesos basados en los nuevos paradigmas de la ciencia y la educación.
MISIÓN
Es una universidad estatal y autónoma; responsable constitucionalmente de organizar, dirigir y desarrollar el tercer y cuarto nivel del sistema educativo nacional. Su ámbito de producción y acción científica es universal. Su compromiso es contribuir a través de la formación de profesionales, la investigación y la vinculación universidad-sociedad al desarrollo humano sostenible del país y por medio de la ciencia y la cultura que generamos, contribuir a que toda Honduras participe de la universalidad y a que se desarrolle en condiciones de equidad y humanismo, atendiendo la pertinencia académica para las diversas necesidades regionales y el ámbito nacional.